Cơ cấu tổ chức trường Tiểu học Lý Tự Trọng bao gồm
- Ban giám hiệu nhà trường:
+ Hiệu trưởng : Hà Thị Lân
+ Hiệu phó: Đỗ Thị Thu Hiền
+ Hiệu phó: Nguyễn Thị Thanh Nghĩa
- Tổ chuyên môn nghiệp vụ
+ Tổ chuyên môn Khối 1
+ Tổ chuyên môn Khối 2
+ Tổ chuyên môn Khối 3
+ Tổ chuyên môn Khối 4
+ Tổ chuyên môn Khối 5
+ Tổ chuyên môn Nhạc, Họa, Tiếng Anh